有限蛋白水解质谱技术（Limited Proteolysis Mass Spectrometry，LiP-MS）是研究小分子化合物（天然产物、代谢物等）与蛋白质相互作用，揭示蛋白结构动态变化的高通量质谱筛选技术。本公司推出LiP-MS药物靶点筛选解决方案，包含三种研究目的场景：

• LiP-MS药物靶点筛选：体外生理条件下寻找小分子药物的潜在作用靶点；
• LiP-MS药物-蛋白结合域分析：体外生理条件下研究纯化重组蛋白与目标药物的作用域与结合位点。
• LiP-MS药物机制研究：体内给药条件下研究小分子药物的潜在作用靶点及其药物作用机制。

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技术原理

有限水解（LiP）的概念是指在生理状态下蛋白酶对蛋白的不完全酶切。研究表明，生理状态下折叠的蛋白具有较强的抗酶切能力，所以实验中想要实现对蛋白的完全酶切需要先对蛋白进行变性处理（去折叠）（图1）。而在生理状态下，折叠蛋白的不完全酶切也需要蛋白酶识别位点的暴露，通常涉及到多达12以上氨基酸残基肽段的构象变化(局部展开)，这依赖于蛋白的动态变化，蛋白表面肽段的柔性变化可能会形成这种能被蛋白酶识别切割的位点。

图 1 蛋白有限水解示意图

LiP-MS利用有限水解的原理来识别小分子药物作用的蛋白靶点。具体来讲，生理状态下蛋白的动态变化会暴露出表面肽段的酶切位点，但是小分子药物与靶蛋白结合后，会在整体或者局部水平稳定蛋白的结构，这使得蛋白表面的肽段暴露和被蛋白酶酶切的可能性大大降低（图2）。

在这个理论背景下，设置药物处理组与溶剂处理的对照组，同时以非特异性的蛋白酶进行处理，会在药物结合的靶蛋白上形成酶切位点（肽段）的差异，最后通过质谱检测来定量筛选出组间差异的肽段（蛋白），最终可以确认为药物作用的结合靶点（图3）。

图 2 小分子配体（药物）稳定蛋白结构

图 3 LiP-MS流程图

产品优势

• 简单便捷：无需设计合成分子探针；提供野生型细胞/组织和药物分子就可以进行实验；
• 真实直接：使用药物分子在体外直接进行结合实验，得到直接结合靶点及其结合位点；
• 数据驱动：利用质谱技术的高通量性能，无偏见的数据驱动筛选保障获得真实的阳性结果，实现治疗靶点与脱靶靶点的全覆盖；
• 直接结论：通过比较筛选、生信分析和数据库挖掘，报告直接给出推荐的靶点列表清单；
• 验证数据：对潜在靶蛋白与药物分子进行分子对接，在计算机模拟层面给药物靶点进行验证；

LiP-MS药物-蛋白结合域分析

该产品应用于一个特殊的药物靶点研究场景：已经明确了药物作用的靶蛋白，但是不清楚药物作用在蛋白上的哪个位置（区域），可以通过对重组蛋白的LiP-MS实验来实现研究目的。客户提供纯化重组蛋白及药物，谱度众合实验室进行体外的重组蛋白和药物分子结合实验，随后进行有限水解实验，通过高分辨质谱来分析药物作用所产生的差异肽段，结合分子对接可以获得明确的药物-蛋白结合区域信息。

送样要求：

1. 至少6个给药前样本（药物处理组3个，溶剂对照组3个；如需增加不同浓度或者不同药物处理组，每组增加3个样本）；

2. 单个样本起始重组蛋白量建议>5μg（总量大于30μg，浓度不低于0.05μg/μL）；

3. 重组蛋白溶液中不含有任何去垢剂/变性剂成分。